宁夏鼠伤寒沙门菌及其单相变种基因组特征分析OA北大核心CSTPCD

目的从全基因组水平上探讨宁夏地区鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium,S.typhimurium)及其单相变种(简称S.1,4,[5],12:i:-)流行特征,建立全基因分型数据库,为今后的暴发溯源及防控提供理论依据。方法采用全基因组测序技术对宁夏地区分离的92株鼠伤寒沙门菌及其单相变种进行血清型分型、MLST、cgMLST分型、毒力基因及耐药表型预测。结果所有菌株中,21株为S.typhimurium,占22.83%;71株为S.1,4,[5],12:i:-,占77.17%。MLST和cgMLST分型结果显示,S.typhimurium均为ST19型,分为5个进化分支,发现5个聚类簇;S.1,4,[5],12:i:-均为ST34型,同在一个进化分支上,发现17个聚类簇。VFDB预测共发现8类155种毒力基因,其中33.33%的S.typhimurium中携带质粒上的9种毒力基因,2种血清型均携带染色体上与SPI毒力岛相关毒力基因。耐药表型预测结果显示,所有S.1,4,[5],12:i:-耐4~14种抗生素,产生22种多重耐药谱,S.typhimurium耐2~13种抗生素,产生8种多重耐药谱。结论宁夏地区S.1,4,[5],12:i:-为继肠炎沙门菌的主要流行优势血清型,其耐药性和遗传多样性高于S.typhimurium,而携带毒力基因数量低于S.typhimurium,且均存在较高的局部暴发风险。