基于小RNA深度测序技术鉴定上海市郊区南瓜病毒种类OACSTPCD

为鉴定上海市郊区秋季南瓜棚中的主要流行病毒病,于2020—2022年在奉贤区和青浦区采集21份南瓜叶片进行小RNA深度测序及PCR检测验证。结果表明:共鉴定出4种病毒,分别为新德里番茄曲叶病毒(ToLCNDV)、中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)、南瓜黄矮化失调病毒(CYSDV)和瓜类褪绿黄化病毒(CCYV)。其中,ToLCNDV和SLCCNV在不同年份和区域均被检测出,是上海市奉贤区和青浦区南瓜的主要流行病毒。此外,ToLCNDV和SLCCNV在黄瓜、甜瓜和西瓜中也被检测出。对来自15个国家64个ToLCNDV分离株的外壳蛋白(CP)序列进行系统进化树分析,结果显示:ToLCNDV的适应性进化与地理因素有关,ToLCNDV分离株被分为欧洲型和亚洲型两大类,中国内地的ToLCNDV分离株应来自中国台湾。