基于优化BWT索引技术的序列比对算法研究OA
生物信息学中,大规模的生物基因序列比对是最重要的基础问题.针对主流的BWT(burrows-wheeler transform)索引技术的研究,提出一种新的多阶混合BWT索引方法MD-BWT(multi difference cover mod3 burrows-wheeler transform),根据待比对序列的长度,动态选取适合的多位索引查找.实验结果表明,改进后的方法可以有效减少序列比对算法中的比对次数和计算次数,降低序列比对算法中索引算法的时间复杂度,明显提高序列比对的效率.在构造BWT(S)字符串过程中,通过DC3(difference cover mod 3)算法来构造后缀数组,实验表明DC3算法构造后缀数组比倍增算法的时间复杂度更低,时间性能更优.
胡春玲;赵俊杰;姚梦媛;高欢欢;朱艺杭;汪少鸿
合肥大学人工智能与大数据学院,安徽合肥230031郑州大学计算机与人工智能学院,河南郑州450001合肥大学人工智能与大数据学院,安徽合肥230031合肥大学人工智能与大数据学院,安徽合肥230031合肥大学人工智能与大数据学院,安徽合肥230031合肥大学人工智能与大数据学院,安徽合肥230031
计算机与自动化
长序列比对BWT索引DC3后缀数组
《南京师范大学学报（工程技术版）》 2024 (4)
P.37-45,9
国家自然科学基金青年项目(62306100)安徽省教学研究重大项目(2023jyxm0558).
评论