我国猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因变异及全基因组重组分析OA

为了解我国猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的流行和遗传变异情况,本研究对我国2023年以来上传至NCBI数据库中的PRRSV ORF5基因和全基因组序列进行了生物信息学分析,并通过比对PRRSV基因序列,对其相似性、系统发育学和基因重组进行探讨。本研究共收集了41条PRRSV ORF5基因序列和13条全基因组序列,13条PRRSV全基因序列相似性分析表明:所有序列与NADC30、JXA1、VR2332、QYYZ、NADC34、Lelystad毒株的相似性分别为43.8%~92.5%、43.4%~84.4%、43.7%~83.3%、42.2%~81.3%、43.3%~95.2%、56.2%~89%。系统发育学分析表明:PRRSV ORF5基因分群表明,谱系1.8毒株占比58.5%(24/41),谱系1.5占比4.8%(2/41),谱系5.1占比12.2%(5/41),谱系8.7占比24.39%(10/41);PRRSV全基因组分群表明,谱系1.8毒株占比76.92%(10/13),谱系1.5占比7.69%(1/13),基因Ⅰ型毒株占比15.38%(2/13)。基因重组分析表明:有10条全基因组序列存在基因重组(10/13),重组的主要亲本毒株为NADC30(10/10),次要亲本毒株为JXA1(10/10),此外,NADC34也参与基因重组(4/10),VR2332参与了一株PRRSV重组(1/10)。研究分析结果发现,NADC30-Like毒株持续占据我国PRRSV流行的主要毒株,HP-PRRSV毒株的流行数量仅次于NADC30-Like,NADC34-Like毒株的流行日益增多。NADC30是参与基因重组最为活跃的毒株,其次为JXA1和NADC34,同时,PRRSV基因Ⅰ型毒株在我国呈潜在流行。