A型塞内卡病毒SVA/CH-GX01-2020株全基因组特征分析OA北大核心CSTPCD

【目的】通过对A型塞内卡病毒(SVA)广西分离株全基因组特征进行深入分析,了解其病原特征和分子流行病学特点,为有效防止疫情暴发和流行提供理论依据。【方法】对2020年采集自广西的病料进行病毒分离,通过RTPCR检测和间接免疫荧光试验(IFA)进行鉴定。对SVA分离株全基因组进行分段扩增和测序后,采用Lasergene 7.1拼接序列,使用MegAlign将SVA分离株全基因组序列与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,利用MEGA11.0构建系统发育进化树。【结果】经鉴定分离到1株SVA,命名为SVA/CH-GX01-2020株。SVA/CH-GX01-2020株基因组全长为7250 bp,开放阅读框(ORF)编码2181个氨基酸残基。与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对,结果显示,SVA/CH-GX01-2020株与国内外SVA分离株全基因组的核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性分别为93.3%~98.7%和97.3%~99.6%,其中,与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343全基因组相似性较低。遗传进化分析发现,SVA/CH-GX01-2020株与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343亲缘关系较远,与大多数中国分离株聚在同一分支,亲缘关系较近,与广西分离株SVA/GX/CH/2018亲缘关系非常近。进行氨基酸序列比对分析发现,与美国经典毒株SVV-001、中国首株分离株CH-01-2015、广西分离株SVA/GX/CH/2018相比,SVA/CH-GX01-2020株氨基酸突变位点主要集中在非结构蛋白3D区域,在结构蛋白VP4和非结构蛋白2A区域相对保守。【结论】SVA/CH-GX01-2020株具有其独特的遗传变异特点,不同地域的SVA毒株亲缘关系远近程度不同,临床流行毒株具有遗传多样性,应加强疫情监测和流行病学调查。