云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和ORF3基因的遗传进化分析OA北大核心

【目的】了解2022—2023年云南部分地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况。【方法】从云南多个地区的9家猪场采集125份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后,采用RT-PCR方法进行病原检测,扩增PEDV阳性样品M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列和氨基酸序列的同源性。【结果】来自5家猪场的49份样品呈PEDV阳性,阳性率为39.2%(49/125);猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV)阳性率为11.2%(14/125);PoRV与PEDV混合感染率为10.4%(13/125);未检测出猪传染性胃肠炎病毒(porcine infectious gastroenteritis virus,TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(porcine delta coronavirus,PDCoV)。与经典疫苗株CV777相比,10株PEDV毒株的M基因和ORF3基因均出现核苷酸和氨基酸突变。M基因同源性分析结果显示:10株毒株均为GⅡ型,其中YNQJF4-6和YNQJF4-7与中国的AJ1102、GD-A、LC株亲缘关系较近,其余8株与GD S07亲缘关系较近;M基因株间核苷酸同源性为96.9%~100.0%,存在多处碱基突变。ORF3基因同源性分析结果显示:株间核苷酸同源性为95.6%~100.0%,氨基酸序列主要有5个氨基酸突变位点,无氨基酸插入或缺失现象。与DR13和JS2008的ORF3蛋白氨基酸序列进行比对发现:10株毒株未出现氨基酸连续大片段缺失的现象,流行的PEDV多为强毒株,M基因和ORF3基因均出现不同程度的突变,提示这些毒株在流行过程中不断出现变异。【结论】云南猪群出现GⅡ型为主的强毒株,急需研制针对变异株的疫苗,降低其带来的经济损失。