深圳市HIV⁃1主要流行毒株的系统动力学回溯研究OACSTPCD

目的利用系统动力学方法分析深圳市HIV⁃1主要流行毒株的有效再生数(Re)。方法从HIV Sequence Database下载2005—2019年深圳市新报告HIV感染者的HIV⁃1基因序列。对序列进行整理、亚型判定后,利用中国艾滋病病毒基因序列数据平台进行分簇、分组。针对各个亚型亚簇的分组序列集构建最大似然树后,利用TempEst v1.5.3软件进行遗传进化和时间的线性回归分析。应用BEAST v2.6.3软件进行系统动力学分析,计算Re。结果(1)最终纳入6619条序列进行分析,其中CRF01_AE亚型2390条、CRF07_BC亚型2886条、CRF55_01B亚型983条、CRF08_BC亚型294条、CRF59_01B亚型66条。(2)Re均值计算结果显示,CRF01_AE、CRF07_BC、CRF55_01B亚型中,Re均值最高的分别是CRF01_AE_C1⁃1(1.357)、CRF07_BC_N⁃14(1.553)、CRF55_01B_C1(1.464);CRF08_BC和CRF59_01B亚型具有较高的Re均值,分别为1.511和1.574。(3)动态Re计算结果显示,CRF01_AE各亚簇亚组的Re值整体呈下降趋势,2010年后Re值在1上下波动;CRF59_01B和CRF55_01B的Re值于2018年后均呈上升趋势,且Re值>1;2019年CRF07_BC的10个亚组和CRF08_BC的Re值>1。结论深圳市HIV⁃1不同亚型的传播能力不同,需要重点监测Re>1的HIV⁃1毒株的流行动态,以指导HIV⁃1精准防控。