牛脂肪沉积相关基因EGR1的克隆、生物信息学及时空表达特性分析OA北大核心
本研究以固原黄牛为研究对象,旨在探究牛EGR1基因在脂肪细胞分化过程和不同组织的时空表达特性,分析EGR1蛋白结构和功能。通过生物信息学软件分析EGR1蛋白的理化性质、二级结构、结构域、亚细胞定位、蛋白互作,分析启动子结合位点与CpG岛,构建不同物种间EGR1蛋白的同源进化树。利用RTPCR扩增EGR1基因CDS区,RT-qPCR分析EGR1基因在脂肪细胞分化过程中和不同组织中的表达特性,从公共数据库下载163种组织的RNA-Seq数据分析。生物信息学分析发现,牛EGR1基因编码542个氨基酸,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,主要定位于细胞核中,少量在细胞质中;具有108个磷酸化位点、137个O-糖基化位点和3个N-糖基化位点,与EGR2、PPARG、NABI、NAB2、TP53等蛋白存在互作关系,氨基酸序列与水牛最接近;预测到15个不同的启动子区域和3个CpG岛;成功克隆出牛EGR1基因的CDS区(1 629 bp)。组织表达谱检测显示,EGR1 mRNA在犊牛脾脏组织中表达量最高,背最长肌表达量最低;在成年牛脾脏组织中的表达量最高,肾脏中的表达量最低;在犊牛和成年牛肝脏、肾周脂肪组织中表达量差异显著。EGR1基因在牛脂肪细胞分化过程中的时序表达中,以0 d mRNA表达量作为对照,发现其在分化0.5 h后表达量下降,在分化第4天表达量升高,且第4天表达量最高。本研究表明EGR1可能在脂肪沉积过程中发挥重要作用。
刘源;贺丽霞;刘爽;杨梦丽;丁晓玲;冯兰;盛辉;汪书哲;白雪;楚洪恩;马云
宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021宁夏大学动物科技学院宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室,宁夏银川750021
畜牧业
固原黄牛EGR1转录因子脂肪沉积
《中国畜牧杂志》 2025 (1)
P.376-387,12
国家自然科学基金(U22A20506、32072720)宁夏回族自治区重点研发项目(2023BCF01006、2021BEF01002、2021NXZD1)自治区科技创新领军人才培训项目(2020GKLRLX02)。
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