五指山猪MHCⅡ类分子基因鉴定与分析OA

目的获得五指山猪主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅱ类分子基因序列,并分析其遗传信息,探究五指山猪MHC的生物学功能。方法采集3头成年雄性五指山猪的脾脏样本,根据MHCⅡ类分子基因序列设计引物,采用RT-PCR法扩增五指山猪MHCⅡ类分子基因的编码序列,通过Sanger测序确定MHCⅡ类分子基因序列,利用生物信息学软件分析五指山猪MHCⅡ类分子基因的理化性质、系统进化关系、保守基序和结构域,以及染色体位置和共线性关系。结果共鉴定出8个五指山猪MHCⅡ类分子基因,分别为SLA-DRA、SLA-DQA、SLA-DQB、SLA-DRB、SLA-DOB、SLA-DMB、SLA-DMA和SLA-DOA。Sanger测序后确定MHCⅡ类分子基因序列,并将序列上传至GenBank获得登录号,分别为PQ182796、PQ182797、PQ182798、PQ182799、PQ182800、PQ182801、PQ182802和PQ164779。系统进化树分析表明,五指山猪6个MHCⅡ类分子基因与杜洛克猪、梅山猪、大白猪和巴马猪等不同品种猪的MHCⅡ类分子基因不在同一个分支上。生物信息学分析表明,MHCⅡ类分子大部分为疏水性蛋白,其相对分子质量为27700~30000,归于同一亚区的基因含有相似的保守基序,其中SLA-DQB、SLA-DRB、SLA-DOB和SLA-DMB基因编码的4个MHCⅡ类分子包含MHCⅡβ保守结构域,SLA-DRA、SLA-DQA、SLA-DMA和SLA-DOA基因编码的4个MHCⅡ类分子包含MHCⅡɑ保守结构域。8个MHCⅡ类分子基因散在分布于五指山猪的7号染色体长臂上,与人的3个基因之间具有共线性关系,而与杜洛克猪的5个基因之间呈现共线性关系。结论五指山猪的MHCⅡ类分子基因可能具有特殊的遗传学起源。