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超级多重基因组序列比对算法
北大核心
CSCD
作者：
呼广跃
沈世镒
发表期刊：
计算机工程与应用 2005年27期
关键词：
多重序列比对
"模代数"理论
后缀树
锚定
摘要：
大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法.论文开发出一个新的比对工具"超级多重基因组比对"(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的"模代数"理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的.SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min.论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计.
