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1型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究北大核心CSCDCSTPCD
作者：罗玉均张桂红陈建红廖明徐小芹任涛张济培罗开健
发表期刊：中国农业科学 2008年9期
关键词：1型鸭肝炎病毒全基因组巢式PCR荧光定量RT-PCR
摘要：[目的]测定1型鸭肝炎病毒(DHV1)毒株R全基因组,建立鸭肝炎病毒1型巢式PCR与实时荧光定量RT-PCR.[方法]设计特异性引物测定DHV1毒株R全基因组,以3D为靶基因序列的引物P1和P2,P3和P4进行巢式PCR,引物F和R进行实时荧光定量RT-PCR.[结果]序列分析发现该毒株与其它GenBank上发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%～99.2%,编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%～98.8%,表明DHV1…查看全部>>
白菜基因组研究取得重大进展北大核心CSTPCD
作者：
发表期刊：中国蔬菜 2011年19期
关键词：全基因组中国农业科学院蔬菜花卉研究所白菜Brassica国际协作基因组测序学术期刊研究论文
摘要：8月29日，国际权威学术期刊《自然-遗传学（Nature Genetics）》在线发表了白菜全基因组研究论文（The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa）。此项成果是在中国农业科学院蔬菜花卉研究所和油料作物研究所、深圳华大基因研究院主导下，由中国、英国、韩国、加拿大、美国、法国、澳大利亚等国家组成的“白菜基因组测序国际协作组”共同完成，
k-长DNA子序列计数算法研究北大核心CSCDCSTPCD
作者：王树林王戟陈火旺张鼎兴
发表期刊：计算机工程 2007年9期
关键词：k-长DNA子序列DNA序列B树全基因组
摘要：基因组的结构与功能存在密切联系,其功能主要通过DNA子序列来表达,因此研究DNA序列结构对于生物信息学来说具有重要的意义.该文研究了k-长DNA子序列在DNA全序列中出现频数的计数问题,设计并实现了k-长DNA子序列内部计数算法和外部计数算法.该算法通过一个哈希函数把k-长DNA子序列映射为整数关键字从而把k-长DNA子序列出现频数的计数问题转化为整数关键字的重复计数问题,使得能够利用经典B树算法来解决k-长DNA子序列的出现频…查看全部>>
两株不同毒力EV71全基因组序列测定及分析北大核心CSCDCSTPCD
作者：李鹏宋楠楠岳盈盈李志会张颖盖中涛孟红
发表期刊：中国人兽共患病学报 2012年5期
关键词：EV71毒力全基因组序列分析
摘要：目的了解济南市2008年EV71的流行和变异情况,寻求潜在的EV71毒力决定位点.方法采用分段扩增的RT-PCR方法对EV71 JN200803和JN200804株的基因组全长进行扩增、测序.对两株EV71的全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,并对VP1区和全基因组进行遗传进化分析.结果 EV71 JN200803和JN200804株的基因组全长分别为7 405 nt和7 404 nt…查看全部>>
一株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列的遗传变异分析北大核心
作者：于博章振华姜北宇钱爱东李林景小冬张建伟
发表期刊：安徽农业科学 2010年1期
关键词：禽流感病毒H9N2全基因组遗传变异
摘要：[目的]了解H9N2亚型禽流感病毒分离毒株A/Chicken/Hebei/WD/98(简称WD98)与其他参考毒株的遗传变异关系.[方法]采用RT-PCR技术扩增了WD98分离株8个基因片段的全基因序列,并将其与7个参考毒株进行同源性比较及遗传进化分析.[结果]分离株WD98与7个参考毒株全基因组同源性为91.1%～95.8%,与A/duck/Hong Kong/Y280/97的全基因组核苷酸同源性最高(95.8%),而与A/chic…查看全部>>
广西猪源H9N2亚型流感病毒全基因组序列分析北大核心CSCDCSTPCD
作者：伍和明韦达有易春华徐贤坤何奇松孙翔翔蒋家霞付薇熊毅
发表期刊：南方农业学报 2012年3期
关键词：猪源流感病毒H9N2亚型全基因组序列分析广西
摘要：[目的]了解广西猪源H9N2亚型流感病毒的来源及变异情况,为有效防控广西猪源H9N2亚型流感病毒奠定基础.[方法]运用RT-PCR对广西分离株A/SW/GX/S11/05( H9N2)进行全基因组扩增,并克隆测序及对比分析.[结果]扩增获得的HA、NA、NP、M、NS、PB1、PB2和PA基因片段长度分别为1683、1401、1497、1027、890、2233、2280和2151 bp,其推导氨基酸分别为561、467、499、34…查看全部>>
一株类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定与分析北大核心CSCDCSTPCD
作者：温立斌何孔旺杨汉春
发表期刊：中国农业科学 2010年2期
关键词：猪圆环病毒2型P1全基因组序列测定与分析
摘要：[目的]确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子.[方法]首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证.[结果]首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定.测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开…查看全部>>
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)BJ-4株全基因组序列测定与分析CSCD
作者：杨汉春黄芳芳郭鑫高云李华陈声
发表期刊：农业生物技术学报 2001年3期
关键词：PRRS病毒全基因组序列测定与分析
摘要：在国内首次完成了猪繁殖与呼吸综合征病毒分离毒株的全基因组序列测定.用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV北京地区分离株BJ-4株的2l条eDNA片段,分别克隆于pGEM-T-easy质粒载体并进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSV BJ-4株全基因组eDNA序列.测序结果表明PRRSV BJ-4株基因组全长15 504 b,包含8个开放阅读框,5′端有190nt先导序列;3′端有256ntUTR,其中包括95ntPol…查看全部>>
我国科学家参与番茄全基因组研究获重大进展
作者：
发表期刊：福建农业科技 2012年6期
关键词：全基因组栽培番茄科学家国际协作序列分析科学成果《自然》以色列
摘要：由来自中国、美国、荷兰、以色列等14个国家的300多位科学家组成的＂番茄基因组研究国际协作组＂,历时8年多的艰苦努力,于近日完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。《自然》以封面文章发表了这项重大科学成果。
猪源乙型脑炎病毒HEN0701株全基因组的分子特征北大核心CSCDCSTPCD
作者：郑浩孙春清袁世山
发表期刊：中国兽医科学 2011年5期
关键词：乙型脑炎病毒全基因组序列分析
摘要：将乙型脑炎病毒HEN0701株基因组RNA分4段进行RT-PCR扩增,并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO载体中,测定全长cDNA序列.以MapDraw软件分析了乙型脑炎病毒HEN0701株的基因组结构,并将病毒基因组分成2个非编码区和10个基因,比较了HEN0701株和11株乙型脑炎病毒在全基因组和各基因的核苷酸及推导氨基酸的同源性.以MEGA5软件绘制HEN0701株和11株病毒C、E、NS3、NS5 基因的进化树.结果显示,H…查看全部>>

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