基于16S rDNA V4与V3-V4可变区高通量测序对浓香型白酒窖泥菌群组成的比较分析OA北大核心CSTPCD
Comparative Analysis of Strong-flavor Baijiu Pit-mud Microbial Community Using High-throughput Sequencing Based on 16S rDNA V4 and V3-V4 Variable Regions
本研究分别对新老窖泥样本的16S rDNA V4和V3-V4区进行Illumina高通量测序,比较了测序的群落多样性参数、NMDS聚类与优势门/属的相对丰度.V4区的OTUs数目(264～639)显著低于V3-V4区(459～1123);V4区的Shannon指数在新、老池壁泥中(2.47、5.02)显著低于V3-V4区(3.33、6.46),而在新(4.98 vs 5.98)、老(5.64 vs 5.39)池底泥样本中无显著差异(p＞0.05);V4区的Chao1指数在新池底泥(2455 vs 1358)、新池壁泥(1326 vs 504)和老池底泥(3475 vs 1260)中显著高于V3～V4区,在老池壁泥中无显著差异(1915 vs 1312) (p＞0.05).两个可变区的测序对NMDS聚类规律无影响.热图聚类结果显示,两个可变区的优势门/属的相对丰度很接近,V4区在属水平上更容易区分老窖池的池底泥.与V3-V4区相比,V4区更利于区分池壁泥与池底泥,且可以检测出甲烷菌的含量,更有利于窖泥菌群组成分析.本研究为16S rDNA高通量测序中V3-V4区与V4区的选择提供一定参考.
王艳丽;张会敏;孟雅静;周庆伍;梁金辉;袁志强;刘国英;何宏魁;李安军
安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820安徽省固态发酵工程技术研究中心,安徽亳州236820
Illumina高通量测序窖泥菌群V4区V3～V4区
《现代食品科技》 2020 (6)
147-154,8
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