两种珍稀白蝶兰属(兰科)叶绿体基因组比较分析OA北大核心CSTPCD
为理解珍稀濒危兰科植物龙头兰(Pecteilis susannae)和景洪白蝶兰(P.hawkesiana)的叶绿体基因组的基本特征,开发用于物种鉴定、保护遗传学和系统发育分析的分子标记,该研究利用二代测序技术对龙头兰和景洪白蝶兰进行浅层基因组测序,采用生物信息学分析方法进行叶绿体基因组的拼接、组装和注释,并与其他近缘物种进行比较基因组分析和系统发育分析。结果表明:(1)龙头兰和景洪白蝶兰的叶绿体基因组大小分别为154 407 bp和153 891 bp,由一对26 550 bp和26 523 bp的反向重复序列(IR)、84 204 bp和83 756 bp的大单拷贝区(LSC)、17 103 bp和17 089 bp的小单拷贝区(SSC)组成;均注释了111个唯一基因,包括77个蛋白质编码基因、30个tRNA基因和4个rRNA基因。(2)在叶绿体基因组中分别鉴定出94个和92个简单重复序列(SSRs)。(3)二者之间存在706个单核苷酸多态性(SNPs)位点和152个插入缺失(InDels)位点,其中cpInDel 067等可以区分2个物种。(4)观察到1个差异较大的基因(accD)和9个高变区(rps19-psbA、matK-trnQ-UUG、psbM-psbD、trnT-UGU-ndhJ、accD-psaI、ycf4-cemA、clpP-psbB、ndhF-trnL-UAG、rps15-ycf1)。(5)系统发育分析结果显示,龙头兰、景洪白蝶兰和鹅毛玉凤花(Habenaria dentata)的亲缘关系较近。在白蝶兰属2种叶绿体基因组研究中获得的SSR位点、InDels和高变区序列可为物种鉴定、开发利用及其资源保护提供有价值的遗传信息。
汪雨;唐露;邵士成;马长乐;李健;罗艳;
中国科学院西双版纳热带植物园,云南勐腊666300 西南林业大学园林园艺学院,昆明650224中国科学院西双版纳热带植物园,云南勐腊666300西南林业大学园林园艺学院,昆明650224 国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,昆明650224深圳市兰科植物保护研究中心(全国兰科植物种质资源保护中心),深圳市濒危兰科植物保护与利用重点实验室,兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室,广东深圳518114
生物学
龙头兰景洪白蝶兰叶绿体基因组分子标记系统发育
《广西植物》 2024 (001)
P.43-55 / 13
深圳市濒危兰科植物保护与利用重点实验室开放基金(OU202204);中国科学院西双版纳热带植物园园林园艺中心研究基金(E2ZK291B05);国家自然科学基金(32270225)。
评论