大口黑鲈源豚鼠气单胞菌的分离鉴定及全基因组分析OA北大核心CSTPCD

【目的】探究患病大口黑鲈的致病菌及其主要生物学特性,为临床疾病防控提供技术支撑。【方法】首先对发病大口黑鲈进行病理组织学观察,进而利用平板划线法分离细菌,通过革兰染色、生化试验和16S rDNA序列测定对分离菌进行鉴定,通过致病性试验观察分离菌对小鼠主要脏器造成的病理损伤;而后分别利用PCR方法和Kirby-Bauer(K-B)纸片法对分离菌的常见毒力基因和耐药特征进行检测分析;最后利用二代测序技术绘制其全基因组草图,并通过生物信息学方法对其分子特征进行解析。【结果】自然感染大口黑鲈肝细胞肿大,空泡变性,肠黏膜下层出血,肠壁坏死;于患病黑鲈体内分离到1株优势菌,在血平板上呈乳白色,半透明,直径约1 mm的小菌落,呈β溶血,革兰染色为阴性短杆菌,两端钝圆,经生化试验和16S rDNA测序证实分离菌为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae),将其命名为SCMS。试验小鼠接种后24 h内死亡率为100%,病理特征与自然感染大口黑鲈相似;SCMS株中共检测到9种毒力基因,分别为Aha、Ahp、Aer、Alt、gcaT、Act、Exu、Ela和eprCAI;药敏试验结果显示,分离菌对大多数四环素类、大环内酯类药物表现耐药或中度敏感;全基因组测序显示,分离菌全长4329602 bp,GC含量为61.5%,基因组信息在GenBank中的登录号为JARFUQ000000000,相似性分析显示分离菌与人源、食品源豚鼠气单胞菌具有高度相似性;病原毒力因子数据库(VFDB)比对显示,分离菌携带多种与黏附、侵入及分泌系统相关的毒力基因;耐药基因数据库(CGE)分析显示,菌株中携带7种耐药基因,部分基因与耐药表型存在不一致的现象。【结论】本试验通过全基因组测序技术解析了1株大口黑鲈源豚鼠气单胞菌的毒力基因和耐药基因,其结果可为大口黑鲈临床疾病防控提供技术支撑。