基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释OA
[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡,提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后,获得的淮猪clean reads数分别为85958912、91701082、84448828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87914166、80480542、85994612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好(证明测序数据真实可靠)。结果表明,筛选到上调基因67个,下调基因54个。GO和Pathway分析发现,差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱,并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。
刘林清;李庆岗;苏世广;周梅;张威;王重龙;
安徽省农业科学院畜牧兽医研究所/畜禽产品安全工程安徽省重点实验室,安徽合肥230031
畜牧业
淮猪大约克猪RNA-Seq差异表达基因
《安徽农业科学》 2024 (011)
P.76-79 / 4
2022年度畜禽产品安全工程安徽省重点实验室青年人才托举工程创新引导资金(XMT2022-09);安徽省财政农业种质资源保护与利用资金项目;安徽省学术和技术带头人后备人选项目(2022H300);安徽省科技特派团项目;安徽省生猪产业技术体系项目(AHCYJSTX-05-12,AHCYJSTX-05-23)。
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