基于gdh基因分析云南牛源十二指肠贾第虫感染情况OA北大核心CSTPCD

【目的】了解云南省牛感染十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)的情况和基因型分布,评估贾第虫病的传播风险。【方法】采用巢式PCR方法基于十二指肠贾第虫的谷氨酸脱氢酶(gdh)基因对云南省3个地区采集的258份牛新鲜粪便样品进行检测,计算不同地区、不同年龄、不同品种牛的十二指肠贾第虫阳性率;对阳性样品进行测序,将测序结果提交至NCBI比对进行基因型鉴定;使用MrBayes 3.1程序进行贝叶斯推理法分析,采用普通时间可逆(general time reversible, GTR)替换模型,构建系统进化树。【结果】258份牛粪便样品中有23份呈十二指肠贾第虫阳性,总阳性率为8.91%(23/258)。其中,不同地区牛十二指肠贾第虫阳性率差异极显著(P<0.01),大理鹤庆县阳性率最高,为20.75%(11/53,95%CI=9.47~32.04);西双版纳勐海县和昭通永善县阳性率分别为8.82%(6/68,95%CI=1.91~15.74)、4.38%(6/137,95%CI=0.91~7.85);不同年龄牛十二指肠贾第虫阳性率差异极显著(P<0.01),犊牛(<5月龄)阳性率(26.19%,11/42,95%CI=12.32~40.06)极显著高于成年牛(>24月龄)(5.56%,12/216,95%CI=2.48~8.64);不同品种牛十二指肠贾第虫阳性率差异极显著(P<0.01),荷斯坦奶牛十二指肠贾第虫阳性率最高,为20.75%(11/53,95%CI=12.00~39.17),黄牛、西杂牛(西门塔尔牛和本地黄牛的杂交品种)、西门塔尔牛阳性率较低,分别为17.86%(5/28,95%CI=2.73~32.98)、4.38%(6/137,95%CI=0.91~7.85)和2.50%(1/40,95%CI=0~7.56)。基于gdh基因序列分析23份十二指肠贾第虫阳性样品集聚体类型均是E型,但为7种不同基因亚型,其中6种亚型(E1、E12、E20、E30、E36和E38)与已知参考序列相似性为99.8%~100%,另一种亚型与未命名亚型参考序列相似性为99.8%。【结论】云南省牛存在十二指肠贾第虫感染,不同地区、不同年龄、不同品种牛的十二指肠贾第虫阳性率存在一定差异;集聚体主要为E型,且此类型在云南地区遗传多样性较高。