鳓鱼全基因组survey分析及微卫星位点分布OA

为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaffold N50为27694 bp,Contig N50为6306 bp。利用MISA软件对鳓鱼基因组的微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)进行检索和分析,总共检测到786123个SSR位点,相对丰度为1204个/Mb。在所有类型中,重复最多的是二碱基,占SSR总量的75.94%,其SSR重复频率主要集中在6~28次;其次为单碱基和四碱基,分别占SSR总量的15.31%和4.25%。对二碱基类型而言,AC型具有最多的重复数量,为131732个,单碱基重复数量最多的则是A型,有48775个。研究结果表明,鳓鱼基因组经组装后可得到高质量的全基因组序列,经过筛选的SSR位点可为后续的遗传分子标记开发提供有力支持,研究结果可为鳓鱼种质资源管理和保护、生物进化和群体遗传等研究工作提供基础资料。